Zwischen dem 9. und 15. Jahrhundert fasste die Schifffahrt Fuß in der Seehafenstadt. Emden erhält das Stapelrecht: Alle vorbeifahrenden Schiffe müssen drei Tage ihre Waren in der Stadt anbieten. Gleichzeitig verleiht König Maximilian I. Anno 1495 der Stadt ihr Wappen: das Engelke up de Muer, hochdeutsch: Engelchen auf der Mauer. Die rote Mauer im Wappen symbolisiert den Schutz, den die Emder/innen durch die Emsmauer hatten. Die blauen Wellen stellen die Ems dar, die damals noch direkt vor der Stadt entlanggeflossen ist. Im 16. Jahrhundert finden viele Glaubensflüchtlinge, vor allem aus den Niederlanden, aber auch aus England und Frankreich, Zuflucht.
Dieser Zuzug in Verbindung mit einem erheblichen wirtschaftlichen Aufschwung sorgte dafür, dass die Einwohnerzahl von 1.600 auf 15.000 anstieg. Allein aus den Niederlanden kamen ca. 6000 reformierte Exilanten nach Emden, wesentlich mehr Menschen als Wittenberg zu jener Zeit beheimatete. Die große Kirche Emden wurde für Sie zur „Moderkerk“, zur Mutterkirche. Auch der Buchdruck blühte auf, mehrere Bibelausgaben entstanden. Entsprechend dieser Vergangenheit erhielt Emden 2013 als erste Stadt den Titel: Reformationsstadt Europas. 1885 machten die Preußen Emden zur kreisfreien Stadt.
Anfang des 20. Jahrhunderts sorgen ein tidefreier Hafen, Werften und Industrie für neue Boomjahre. Doch die Zeit des Nationalsozialismus hat auch in Emden Spuren hinterlassen. Insgesamt waren 80 Luftangriffe mit Bombenabwürfen zu verzeichnen. Der schwerste Luftangriff ereignete sich im September 1944. Diesem Angriff fiel die gesamte Emder Altstadt zum Opfer. Emdens Altstadt wurde zu ca. 80 %zerstört. Doch aus den Trümmern entstand das neue Emden und so prägt die Backstein Nachkriegsarchitektur bis heute das Stadtbild.